Centrum NTIS je organizačně rozděleno na 6 výzkumných programů (VP):

• VP1: Kybernetické systémy řízení, identifikace, inteligentního rozhodování a komunikace

  vedoucí programu: prof. Ing. Miloš Schlegel, CSc.

• VP2: Pokročilé počítačové a informační technologie

  vedoucí programu: doc. Ing. Přemysl Brada, MSc., Ph.D.

• VP3: Výzkum a modelování heterogenních materiálů a mechanických a biomechanických struktur

  vedoucí programu: Ing. Vítězslav Adámek, Ph.D.

• VP4: Nové nanostrukturní tenkovrstvé materiály vytvářené plazmovými technologiemi

  vedoucí programu: prof. Ing. Petr Zeman, Ph.D.

• VP5: Kvalitativní a kvantitativní studium matematických modelů

  vedoucí programu:  doc. Ing. Marek Brandner, Ph.D.

• VP6: Sběr, zpracování a sdílení geoprostorových dat

  vedoucí programu:  prof. Ing. Pavel Novák, Ph.D.

Do výzkumných a vývojových aktivit výzkumného programu VP6 je zapojen partner Výzkumný ústav geodetický, topografický a kartografický, v. v. i. se sídlem ve Zdibech u Prahy.

Důraz na posílení synergických vazeb a na stabilizaci výzkumných týmů vyústil v procesu sestavení odborných aktivit projektu PUNTIS, který byl v Centru realizován od poloviny roku 2015 v rámci Národního programu udržitelnosti I.

Synergické vazby mezi programy VP1, VP2 a VP3  vedly k ustanovení mezioborové aktivity Bioinženýrské technologie a modely a vazby mezi programy VP2 a VP6 k ustanovení mezioborové aktivity Geofyzikální modely a geoinformatické technologie.

V Centru NTIS jsou tak od poloviny roku 2015 intenzivně rozvíjeny výzkumné aktivity:

v programu VP1:

• Identifikace a rozhodování pro systémy s neurčitostí
• Řídicí systémy strojů a procesů
• Řečové a obrazové technologie
• Monitorovací a diagnostické systémy

v programu VP2:

• Datové a softwarové inženýrství

v programu VP3:

• Modelování mechanických systémů

v programu VP4:

• Nanostrukturní tenkovrstvé materiály

v programu VP5:

• Matematické modelování

V rámci synergických vazeb mezi programy VP1, VP2 a VP3  je rozvíjena mezioborová aktivita:

• Bioinženýrské technologie a modely

a programy VP2 a VP6  je rozvíjena mezioborová aktivita:

• Geofyzikální modely a geoinformatické technologie.